Jeśli chodzi o program, do porządkowania folderu
Downloads to polecam
CloneSpy, więcej o nim, możesz poczytać
TUTAJ, jest nawet link do pobrania, osobiście jestem z niego zadowolona :3
A co do czarnej podłogi, to prawdopodobnie nie masz mesha lub, tak jak napisałaś, dodatki gryza się ze sobą.