Teoretycznie każdy program ingerujący w rejestr Windows'a mógłby go uszkodzić, wszelkie instalowane aplikacje niestety nie są doskonałe.
Nie sądzę jednak, żeby ryzyko było duże, jeśli chodzi o SimPe - sam korzystam z niego bezawaryjnie od kilku miesięcy, nie spotkałem się też nigdzie z problemami z systemem spowodowanymi przez SimPe, więc możesz śmiało go zainstalować.
Dla bezpieczeństwa możesz stworzyć punkt przywracania systemu przed zabawą z programem, a jesli jesteś bardziej "zaawansowana" - zrobić kopię rejestru Windows i skorzystać z niej w razie kłopotów.